La facciata della chiesa è semplicissima essendo costruita da blocchi squadrati di rocce dure. Essa è coronata da un timpano con gronda sorretta da mensola. Una sola finestra circolare si apre in alto poco sotto i due pioventi del tetto, e nell’interno le volte a crociere con nervature rotonde lascerebbero intendere che essa, fosse in origine coperta di tetto a capriate, cui si sostituirono solo più tardi quelle volte con nervature già tendenti allo stile ogivale,

La porta invece è intatta come poteva essere originariamente e l'archivolto decorato tutto quanto con animali quadrupedi di forme mostruose e sorrette in basso da mensoloni con teste rozzamente scolpite, risponde in tutto allo stile introdotto dai cluniacensi e di cui è cospicuo esempio fra di noi con maggiore ricchezza d’arte. L’archivolto figurato di Santa Maria di Calvenzano, priorato della congregazione di Cluny fondato nel 1100 dall’arcivescovo Anselmo IV di Milano.
Alla chiesa antica potrebbero appartenere le colonne, ora visibili, che erano state murate nella parete di mezzo della chiesa.
Le colonne presentano capitelli romanici e uno dei capitelli, in parte nascono da muratura, porta scolpito un animale alato. L’interno della chiesa è diviso in due parti, allo scopo di ottenere una chiesa accessibile ai fedeli ed una riservata alle religiose. La chiesa presenta lesene di pietra viva, sulle quali si impostano gli archi acuti e le nervature delle volte a crociera. Le murature, di ciottoli a spina di pesce, sono ricoperte da stucchi barocchi.

La chiesa esterna è stata restaurata e decorata nei secoli XVII e XVIII tanto che non conserva più nulla della originaria struttura. La pala dell’altare, che era pregevole opera del Procaccino, è stata tolta dal tempio e trasportata nella pinacoteca di Brera, è stata poi sostituita con una tela rappresentante la crocefissione che il cardinale ha giudicato discreta.
I due “comunichini” delle monache a destra e a sinistra dell’altare sono divenuti dei reliquari. Goffredo da Bussero ricorda che nel 1266 la chiesa interna o coro delle Benedettine, aveva un altare dedicata a Santa Caterina e un secondo dedicato a San Pietro martire. Nella chiesa esterna vi era invece l’altare di Santa Maria e l’altro altare dedicato a san Nicola.
Presso la porta della sacrestia vi è scritto il precetto di San Carlo Borromeo:
“Tempore quo sacra fiunt, colloquia non fiant “.
Verso la porta di uscita, si legge la seguente lapide in latino:

“A Federico Cribello
Onestissimo cavaliere dell’ordine Calatravis
Erudito in greco e latino e in molte scienze che fece distribuire tutte le sue ricchezze ai poveri.
Gli erogatori cavalier Fabrizio Simonetta
Francesco Cribello e Giacomo casati
Questo sepolcro fecero e curarono
Morì il 28 aprile 1589”

Il campanile è a pianta quadrata, il chiostro è del cinquecento e presenta due ordini di colonne di ghiandone senza unghie di protezione fra il toro ed il plinto. Le colonne non sono cilindriche e prismatiche come quelle romaniche, ma con doppia rastremazione alla maniera rinascimentale. I capitelli sono toscani nel cortile della Foresteria ed affini ai corinzi nel secondo cortile, sempre però con esecuzione grossolana. Gli archi del piano terreno sono ribassati, quelli superiori approssimativamente a pian centro, con la caratteristica che ad un'arcata del piano terreno ne corrispondono due o tre del primo piano.

II refettorio delle benedettine fu diviso più recentemente in due sale. Sulla parete di fondo è conservato un grande affresco della crocefissione di oltre sei metri di lunghezza per un’altezza di cinque, con la data del 1512.
“Stanno nel fondo le tre croci del Golgota ed angeli volanti intorno a quella di mezzo del redentore che ha ai piedi il gruppo delle Marie, con Longino e il pio centurione. Ai lati di costoro si elencano a destra San Gerolamo, San Paolo, Sant’Ambrogio, San Domenico, San bruno ed altri tre Santi, ed a sinistra l’apostolo San Pietro, San Benedetto, San Pietro martire ed altri Santi.
Sotto le arcate del piano terreno si vedono le effigi di San Pietro e San Polo con la scritta in bei caratteri del rinascimento:

“Isti sunt duo olivi et duo
Candelabra lucentia ante
Dominum”

Quando Diego Santambrogio nel 1909 visitò l’ex monastero di Brugora, ammirò un capitello che già servì per piletta dell’acqua santa.
Probabilmente si tratta della fonte battesimale che la visita pastorale del 1578 fece togliere dalla chiesa vietando i battesimi a brugora.
Il Santambrogio ci ha lasciato la seguente descrizione:

“All’epoca iniziale della nascente comunità cenobitica di Brugora, appartiene pure un elaborato e ricco capitello visibile nell’antico chiostro ridotto ora da tempo a uso di civile abitazione. Questo solido monolito che nella parte cilindrica in basso va decorato di aquilette egregiamente scolpite, offre al di sopra nell’allargamento a foggia di cubo, un contesto di vimini tratti collo scalpello dalla viva pietra e adorno su due facce di testine decorative”

Il capitello si eleva da terra per circa un metro su una colonna di sostegno, e pare, dall'incavo che presenta nella parte superiore che abbia servito ad uso di piletta dell’acqua santa, e da questa sola reliquia scultorea sopravanzata dell’antica chiesa conventuale, può arguirsi quante altre preziose memorie siano andate disperse di quel monumento.
Nell’inventario del 1919 dei beni lasciati dalle benefattrici Angelica Ferrario vedova Scola il capitello predetto figura elencato al n. 718 “colonnetta di pietra con pila antica” Ora non si sa dove si trovi. Sulle pareti della chiesa interna si vedono vari affreschi di cui uno discretamente conservato